《天作不合的我们 第二季》延续首季剧情，聚焦不可知论者情感播客主播乔安娜与犹太拉比诺亚的恋情。两人正式决定经营关系后，蜜月期的热度褪去，开始直面现实挑战：诺亚为她放弃晋升首席拉比的机会，这一选择引发的后续影响与潜在矛盾逐渐显现；乔安娜需应对融入对方宗教社区的压力，是否皈依犹太教成为两人需要深入探讨的核心议题。同时，双方家庭的干涉、截然不同的生活方式带来的文化碰撞，以及乔安娜的姐姐摩根等配角的情感支线，也让这段关系充满考验。剧集以爱情喜剧的形式，展现了两人在信仰、家庭与个人身份的博弈中，尝试维系感情并共同成长的过程。