平静的东京湾发生海难，一只巨大的怪兽哥斯拉登陆城区。日本政府成立灾害部研究哥斯拉，最终决定对其采取武装攻击。哥斯拉完成恐怖进化，东京面临灾难，人类与怪兽的决战即将到来。

平静的东京湾突然发生海难，一只巨大的怪兽冒出水面并登陆城区。日本政府成立“巨大不明生物灾害部”，研究怪兽是受到放射性污染而诞生出来的，命名为哥斯拉。灾害部尝试了各种办法均宣告失败，最后决定对哥斯拉采取武装攻击。然而，这个巨大的怪兽完成了更恐怖的进化，整个东京将要沦为一片人间地狱，一场人类与怪兽的最终决战即将到来。